Lamune spune povestea unui băiat pe nume Kenji și a prietenei sale din copilărie Nanami. Deși toată lumea pare să știe că au o relație, niciunul dintre ei nu este hotărât să o împingă mai departe decât prietenii apropiați. Povestea trece prin flashback-uri, explicând de ce sunt prieteni atât de apropiați și orice acțiune nu pare să îi îndepărteze, ci îi apropie.